WHT i TP w branży farmaceutycznej: obowiązki przy płatnościach do podmiotów powiązanych i jedno z najczęściej kontrolowanych obszarów

Twoja spółka płaci za licencję na patent, odsetki od pożyczki wewnątrzgrupowej, wynagrodzenie za usługi zarządcze i dywidendę do spółki matki. Każda z tych wypłat uruchamia dwa teoretycznie niezależne reżimy: podatek u źródła i ceny transferowe. Rozliczasz i dokumentujesz je osobno, ale opierają się na tych samych faktach, a organ czyta je razem.

W spółkach, będących częścią grup kapitałowych – a takimi są zwykle m.in. firmy farmaceutyczne – tego typu wypłaty są właściwie codziennością. Jednocześnie jednak, są one jednymi z najczęściej i najbardziej skrupulatnie kontrolowanych obszarów przez organy podatkowe.

Najważniejsze wnioski

• Stawka krajowa WHT to 20 procent dla należności z art. 21 ust. 1 ustawy o CIT i 19 procent dla dywidend z art. 22 ust. 1.
• Zwolnienie dla odsetek i należności licencyjnych obejmuje wyłącznie kwotę odpowiadającą warunkom rynkowym. Nadwyżka wynikająca z powiązań z preferencji nie korzysta (art. 21 ust. 7 ustawy o CIT).
• W art. 22 ustawy o CIT nie ma przepisu odpowiadającego konstrukcyjnie art. 21 ust. 7. Przy dywidendach ryzyko oceniane jest inaczej, przede wszystkim przez art. 22c (tzw. mała klauzula przeciwko unikaniu opodatkowania).
• Mechanizm pay and refund po przekroczeniu 2 mln zł obejmuje należności z art. 21 ust. 1 pkt 1 oraz art. 22 ust. 1. Usługi niematerialne z art. 21 ust. 1 pkt 2a do tego katalogu nie wchodzą.

Które płatności zagraniczne firmy farmaceutycznej podlegają podatkowi u źródła?

Wszystko zaczyna się od dwóch katalogów ustawowych. Pierwszy, z art. 21 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, obejmuje odsetki, prawa autorskie i pokrewne, prawa do projektów wynalazczych, znaki towarowe i wzory zdobnicze, sprzedaż tych praw, należności za udostępnienie tajemnicy receptury lub procesu produkcyjnego, użytkowanie urządzenia przemysłowego, handlowego lub naukowego oraz know-how. Stawka krajowa wynosi tu 20 procent. Osobno, w art. 21 ust. 1 pkt 2a, ustawodawca wymienia usługi doradcze, księgowe, badania rynku, prawne, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, rekrutacji, gwarancje i poręczenia oraz świadczenia o podobnym charakterze.

Drugi katalog, z art. 22 ust. 1, dotyczy dywidend i innych przychodów z udziału w zyskach osób prawnych. W tym przypadku stawka to 19 procent.

To stawki krajowe, nie stawki faktycznie pobierane. Żeby zejść do stawki z umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania albo zastosować zwolnienie ustawowe, potrzebujesz certyfikatu rezydencji i musisz dochować należytej staranności (art. 26 ust. 1 ustawy o CIT). Przy jej ocenie bierze się pod uwagę charakter i skalę Twojej działalności (jak również w praktyce działalności całej grupy) oraz powiązania z odbiorcą. Ustawa nie definiuje należytej staranności, więc nie licz na zamkniętą listę dokumentów, która zawsze ją zapewni.

Dlaczego stawka opłaty licencyjnej decyduje jednocześnie o cenach transferowych i o podatku u źródła?

Opłata licencyjna za patent, znak towarowy czy know-how jest należnością z art. 21 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, a jednocześnie transakcją kontrolowaną, której cena powinna odpowiadać warunkom rynkowym (art. 11c). Oba obowiązki spotykają się w jednym przepisie.

Art. 21 ust. 7 ustawy o CIT działa tak: jeżeli wskutek powiązań warunki różnią się od tych, które ustaliłyby podmioty niezależne, i kwota należności jest wyższa niż oczekiwana bez tych powiązań, zwolnienie stosuje się tylko do kwoty odpowiadającej poziomowi rynkowemu. Nierynkowa stawka royalty to więc nie tylko ryzyko korekty dochodu, ale też zwolnienie węższe od kwoty, którą faktycznie wypłaciłeś.

Drugie pytanie brzmi: który podmiot w grupie jest ekonomicznie uprawniony do dochodu z wartości niematerialnej. Wytyczne OECD w sprawie cen transferowych z 2022 r. odpowiadają na to analizą funkcji DEMPE, czyli rozwoju, ulepszania, utrzymania, ochrony i eksploatacji. Prawne posiadanie tytułu do patentu samo nie przesądza o wynagrodzeniu. W dokumentacji lokalnej odpowiada temu wymóg opisania analizy funkcji, ryzyk i aktywów (art. 11q ust. 1 ustawy o CIT).

Co trzeba ustalić przy odsetkach od pożyczki wewnątrzgrupowej poza oprocentowaniem?

Odsetki mieszczą się w art. 21 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, a po stronie cen transferowych podlegają ocenie rynkowości. Konieczne jest sporządzenie rzetelnego, kompletnego benchmarku, potwierdzającego, że sposób kalkulacji odsetek jest ustalony na zasadach rynkowych. Czasami konieczne są nawet bardziej szczegółowe badania, polegające na ocenie czy generalnie poziom „zapożyczenia” się spółki jest rynkowy – czyli w skrócie czy spółka działająca na rynku faktycznie byłaby w stanie zaciągnąć tak dużą pożyczkę i dalej funkcjonować (tzw. analiza debt capacity).

W przepisach przewidziano również pewne uproszczenia dokumentacyjne, np. safe harbour, jeżeli oprocentowanie mieści się w parametrach obwieszczenia ministra.

Safe harbour upraszcza jednak tylko kwestię dokumentacji TP. Nie zwalnia z badania statusu odbiorcy odsetek, nie zastępuje oceny zdolności pożyczkowej i nie wpływa na limit kosztów finansowania dłużnego z art. 15c ustawy o CIT, który liczysz niezależnie.

Kiedy zwolnienie dla dywidendy wypłacanej do spółki matki nie ma zastosowania?

Zwolnienie z art. 22 ust. 4 ustawy o CIT wymaga między innymi, żeby odbiorcą była spółka podlegająca opodatkowaniu od całości dochodów w państwie Unii Europejskiej lub Europejskiego Obszaru Gospodarczego, posiadająca bezpośrednio co najmniej 10 procent udziałów przez wymagany okres i niekorzystająca ze zwolnienia od całości swoich dochodów.

Niezależnie od tych warunków działa art. 22c ustawy o CIT, który wyłącza preferencję, gdyby skorzystanie z niej było sprzeczne z przedmiotem lub celem przepisów o zwolnieniu albo gdy stanowiło główny cel czynności, a sposób działania był sztuczny.

Orzecznictwo jest w tym punkcie konsekwentne: jako płatnik dywidendy nie możesz poprzestać na dokumentach formalnych, musisz również zbadać czy wypłata dywidendy jest spójna z funkcją spółki w grupie i nie prowadzi do w skrócie optymalizacji podatkowej. Wskazywał na to m.in. NSA w wyroku z 6 października 2023 r. (II FSK 1333/22), odwołując się do orzecznictwa TSUE w sprawach duńskich z 26 lutego 2019 r.

Jak kwalifikować usługi niematerialne od centrali i usługi badawcze?

Kolejność analizy jest odwrotna niż intuicyjna. Najpierw sprawdzasz, czy świadczenie mieści się w katalogu art. 21 ust. 1 pkt 2a ustawy o CIT, a dopiero potem sięgasz po umowę o unikaniu podwójnego opodatkowania. Jeżeli wynagrodzenie stanowi zysk przedsiębiorstwa nierezydenta nieposiadającego zakładu w Polsce, podatek może nie wystąpić.

Największe pole sporu to świadczenia o podobnym charakterze. Test wypracowany przez NSA w wyroku z 5 lipca 2016 r. (II FSK 2369/15) wymaga, żeby cechy świadczeń wymienionych w przepisie przeważały nad cechami świadczenia niewymienionego. Sama niematerialność usługi nie wystarczy.

Po stronie cen transferowych te same usługi wymagają wykazania rzeczywistej korzyści dla usługobiorcy i uzasadnienia kluczy alokacji kosztów.

Kto jest rzeczywistym właścicielem należności licencyjnych i odsetek?

Definicja z art. 4a pkt 29 ustawy o CIT wymaga trzech elementów łącznie. Odbiorca otrzymuje należność dla własnej korzyści, samodzielnie decyduje o jej przeznaczeniu i ponosi ryzyko ekonomiczne jej utraty. Nie jest pośrednikiem, przedstawicielem, powiernikiem ani podmiotem zobowiązanym do przekazania należności dalej. Prowadzi rzeczywistą działalność gospodarczą, ocenianą odpowiednio według art. 24a ust. 18.

Objaśnienia podatkowe Ministra Finansów z 3 lipca 2025 r., opublikowane 9 lipca 2025 r., dodają do tego istotną wskazówkę: wymagane zaplecze majątkowo-osobowe musi być adekwatne do rodzaju prowadzonej działalności. Czego innego oczekuje się od producenta, czego innego od centrum badawczo-rozwojowego, a czego innego od spółki holdingowej. Brak własnego laboratorium sam nie przesądza więc o braku rzeczywistej działalności.

W praktyce, w trakcie kontroli organy stawiają często bardzo wysokie wymagania aby uznać, że podatnik (odbiorca należności) jest beneficial owner’em. Czasem wymagania organu kontrolującego są wręcz wyższe niż to co wynika z objaśnień MF. Dlatego też, tak ważne jest opracowanie konkretnej strategii postępowania w trakcie kontroli podatkowej lub celno-skarbowej. Krytyczne jest, aby to argumenty kontrolowanej spółki przemawiające za prawidłowością rozliczeń, były konsekwentnie podnoszone i dokumentowane od początku sprawy.

Jak wygląda kontrola podatku u źródła i cen transferowych?

Co jest niezwykle istotne, oba obszary należą do priorytetów kontrolnych administracji skarbowej. Podatek u źródła jest sprawdzany przede wszystkim pod kątem statusu odbiorcy płatności i rzeczywistej działalności prowadzonej przez zagraniczne spółki holdingowe, a ceny transferowe pod kątem zgodności deklarowanego modelu z faktycznymi rozliczeniami.

W branży farmaceutycznej ryzyko jest wyższe niż przeciętnie, bo struktury grup są złożone, wartości transakcji wewnątrzgrupowych duże, a licencje na własność intelektualną i finansowanie wewnątrzgrupowe to standard, nie wyjątek. Wejście w życie JPK CIT dodatkowo skraca dystans między złożeniem rozliczenia a jego weryfikacją.

Dlaczego te obszary są na szczycie listy fiskusa? Powodów jest kilka. Przede wszystkim dotyczą one dużych (często milionowych) kwot wypłacanych należności. Nie bez znaczenia jest również to, że dokonywane wypłaty nie są tzw. one-off’ami. Jest wręcz przeciwnie – płatności grupowe są dokonywane corocznie. Jeśli organ zweryfikuje i domierzy podatek za jeden rok, stosunkowo „łatwo” może te ustalenia przenieść na rozliczenia za pozostałe otwarte okresy rozliczeniowe.

Kolejnym powodem jest również to, że zarówno w zakresie WHT jak i TP przepisy posługują się bardzo nieprecyzyjnymi, otwartymi pojęciami. Jaka cena jest tak naprawdę rynkowa, kto jest rzeczywistym odbiorcą, które usługi są podobne – to pytania, na które bardzo często nie ma zero-jedynkowych odpowiedzi. A skoro tak, są one podatne na ocenę / wykładnię, więc też na zakwestionowanie w trakcie kontroli.

Nie ma zamkniętej listy dokumentów, których organ może żądać. Zakres wynika z tego, jaką przesłankę preferencji trzeba wykazać. Przy strukturach holdingowych materiał obejmuje zwykle dokumenty rejestrowe i strukturę właścicielską, umowy oraz dokumentację przepływu należności, dane o personelu, lokalu i wyposażeniu odbiorcy, sprawozdania finansowe, a także dokumentację cen transferowych z analizą funkcji, ryzyk i aktywów.

Ten ostatni element bywa niedoceniany. Dokumentacja lokalna nie jest dokumentem z zakresu WHT, ale opisuje te same okoliczności, na których opiera się ocena statusu odbiorcy. Rozbieżność między jej treścią a argumentacją przedstawioną w sprawie podatku u źródła ma znaczenie dowodowe.

ALTO specjalizuje się w prowadzeniu takich postępowań. Reprezentujemy firmy w kontrolach cen transferowych i podatku u źródła, w postępowaniach o zwrot pobranego podatku oraz w sporach na etapie odwoławczym i sądowym, przed wojewódzkimi sądami administracyjnymi i NSA. Przygotowujemy też dokumentację cen transferowych, analizy statusu rzeczywistego właściciela i wnioski o opinię o stosowaniu preferencji.

FAQ

Czy próg 2 mln zł w podatku u źródła to ten sam próg co w cenach transferowych?

Nie, to dwie odrębne konstrukcje o zbieżnej wartości. W cenach transferowych progi dokumentacyjne z art. 11k ust. 2 ustawy o CIT wynoszą 10 mln zł dla transakcji towarowych i finansowych oraz 2 mln zł dla usługowych i pozostałych, a liczy się je dla transakcji kontrolowanej o charakterze jednorodnym, nie dla pojedynczej faktury czy umowy. W podatku u źródła 2 mln zł z art. 26 ust. 2e to suma określonych należności wypłaconych temu samemu podmiotowi powiązanemu w roku podatkowym. Przekroczenie jednego progu nie zawsze oznacza przekroczenia drugiego.

Jakie warunki trzeba spełnić, żeby zastosować zwolnienie dla odsetek i należności licencyjnych?

Zwolnienie z art. 21 ust. 3 ustawy o CIT nie działa automatycznie. Warunki dotyczą statusu i rezydencji spółek w Unii Europejskiej lub Europejskim Obszarze Gospodarczym, poziomu powiązania (co do zasady bezpośrednie lub pośrednie posiadanie co najmniej 25 procent udziałów), nieprzerwanego dwuletniego okresu utrzymywania tego udziału, statusu rzeczywistego właściciela, prowadzenia rzeczywistej działalności gospodarczej oraz niekorzystania ze zwolnienia od całości dochodów. Ustawa dopuszcza sytuację, w której wymagany okres upływa już po dokonaniu wypłaty.

Czy opinia o stosowaniu preferencji może wygasnąć przed upływem 36 miesięcy?

Tak. Przy istotnej zmianie okoliczności faktycznych mających wpływ na spełnienie warunków preferencji wnioskodawca ma 14 dni na poinformowanie organu, licząc od dnia, w którym dowiedział się o zmianie albo przy zachowaniu należytej staranności powinien się dowiedzieć (art. 26b ust. 8 ustawy o CIT). Jeżeli zgłosisz zmianę w terminie, opinia wygasa ostatniego dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym upłynął ten termin. Jeżeli nie zgłosisz, opinia wygasa już z dniem, w którym podatnik przestał spełniać warunki.

Ministerstwo Finansów planuje przy tym przedłużyć termin obowiązywania opinii o stosowaniu preferencji do 5 lat. Trzeba obserwować status prac legislacyjnych nad tą ustawą.

Kto odpowiada za podatek u źródła niepobrany przez polską spółkę?

Za podatek niepobrany albo pobrany i niewpłacony odpowiada płatnik (art. 30 Ordynacji podatkowej). Odrębnie funkcjonuje odpowiedzialność karnoskarbowa: art. 78 Kodeksu karnego skarbowego dotyczy niepobrania podatku lub pobrania go w kwocie niższej od należnej, a art. 77 podatku pobranego, ale niewpłaconego w terminie. Zgodnie z art. 9 § 3 tego kodeksu odpowiadać może również osoba, która faktycznie zajmuje się sprawami gospodarczymi, w szczególności finansowymi, spółki.

Materiał ma charakter informacyjny i nie stanowi porady podatkowej; zastosowanie opisanych zasad wymaga analizy konkretnego stanu faktycznego.

Źródła

Akty prawne

• Ustawa z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych: art. 4a pkt 29, art. 11a ust. 1 pkt 4 i ust. 2, art. 11c, art. 11e, art. 11g, art. 11k ust. 2, art. 11n pkt 1, art. 11q ust. 1, art. 11t ust. 1, art. 15c, art. 21 ust. 1, 3 i 7, art. 22 ust. 1 i 4, art. 22c, art. 24a ust. 18, art. 26 ust. 1, 2e i 7a, art. 26b, art. 28b
• Ustawa z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa: art. 14a § 1 pkt 2, art. 14n § 4 pkt 1, art. 30
• Ustawa z 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy: art. 9 § 3, art. 77, art. 78

Orzecznictwo

• NSA, wyrok z 5 lipca 2016 r., II FSK 2369/15
• NSA, wyrok z 6 października 2023 r., II FSK 1333/22
• NSA, wyrok z 6 maja 2025 r., II FSK 1082/22
• TSUE, wyroki Wielkiej Izby z 26 lutego 2019 r., sprawy duńskie: C-115/16, C-116/16, C-117/16, C-118/16, C-119/16, C-299/16

Interpretacje indywidualne

• Dyrektor KIS, interpretacja z 3 września 2020 r., 0111-KDIB1-2.4010.220.2020.4.BG
• Dyrektor KIS, interpretacja z 5 sierpnia 2022 r., 0111-KDIB1-2.4010.301.2022.2.ANK

Materiały urzędowe i standardy branżowe

• Objaśnienia podatkowe Ministra Finansów z 3 lipca 2025 r. dotyczące stosowania klauzuli rzeczywistego właściciela dla celów podatku u źródła, opublikowane 9 lipca 2025 r.
• Obwieszczenie Ministra Finansów i Gospodarki z 10 grudnia 2025 r. w sprawie rodzaju bazowej stopy procentowej i marży dla potrzeb cen transferowych, M.P. 2025 poz. 1249
• OECD Transfer Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administrations 2022, rozdział VI