Payback NFZ a VAT – kto ma prawo do korekty i z jakich możliwości firmy wciąż nie korzystają 

Firmy farmaceutyczne sprzedające leki objęte refundacją często są zobowiązane do wpłat na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia w ramach instrumentów dzielenia ryzyka. Payback – bo tak potocznie nazywa się ten mechanizm – przez większość podatników był traktowany wyłącznie jako koszt podatkowy. Wymiar VAT pozostawał poza radarem. 

Tymczasem od 2023 roku zaczęła się wyraźnie utrwalać korzystna linia interpretacyjna: payback może obniżać podstawę opodatkowania VAT. Dla części firm oznacza to prawo do odzyskania nadpłaconego podatku za ostatnie pięć lat. Dla tych, które już złożyły wnioski o zwrot – często jeszcze jedno, pomijane roszczenie. A dla wszystkich razem – konieczność prawidłowego ustawienia bieżących rozliczeń w reżimie obowiązkowego KSeF, który dla większości podatników obowiązuje od 1 kwietnia 2026 roku. 

Trzy pytania, które warto sobie dziś zadać. 

1. Kto właściwie ma prawo do korekty VAT od paybacku? 

To pytanie jest bardziej złożone, niż mogłoby się wydawać – i odpowiedź zależy od tego, jaka jest rola danego podmiotu w łańcuchu refundacyjnym. 

Spółka farmaceutyczna, na którą została wystawiona decyzja refundacyjna 

to przypadek najczystszy prawnie. Firma posiada decyzję refundacyjną, sprzedaje leki do hurtowni lub bezpośrednio do aptek i szpitali, a następnie zwraca NFZ część uzyskanej refundacji. Mechanizm działa analogicznie do rabatu pośredniego: wpłata na rzecz NFZ obniża ekonomicznie realne wynagrodzenie, jakie firma uzyskała ze sprzedaży leku w łańcuchu dystrybucji. Na tej podstawie – zgodnie z art. 29a ust. 10 ustawy o VAT – podstawa opodatkowania ulega obniżeniu, a firma ma prawo do korekty VAT należnego. Dyrektor KIS potwierdził to podejście w szeregu interpretacji indywidualnych wydanych w latach 2023–2025, w tym w interpretacji z 9 sierpnia 2024 r. (nr 0114-KDIP4-2.4012.343.2024.1.WH) oraz z 25 kwietnia 2025 r. (nr 0114-KDIP4-3.4012.104.2025.1.APR). 

Podejście to pozostaje spójne również z utrwalonym orzecznictwem TSUE dotyczącym rabatów pośrednich. W swoim orzecznictwie Trybunał wskazał, że podstawa opodatkowania VAT nie może przewyższać kwoty rzeczywiście otrzymanego wynagrodzenia, nawet jeśli zwrot części ceny następuje na rzecz podmiotu innego niż bezpośredni nabywca. 

Dystrybutor, na którego decyzja nie została wydana 

to przypadek, który pozostawał w szarej strefie interpretacyjnej. Podmiot ten nie jest stroną decyzji refundacyjnej – sprzedaje leki, ale to nie on formalnie uczestniczy w instrumencie dzielenia ryzyka. Mimo to może ponosić ekonomiczny ciężar paybacku, jeśli wynika to z umów zawartych z podmiotem odpowiedzialnym lub z modelu rozliczeń w grupie kapitałowej. 

Interpretacja Dyrektora KIS z 30 maja 2025 r. (nr 0114-KDIP4-2.4012.174.2025.1.KS) potwierdziła możliwość obniżenia podstawy opodatkowania VAT również w modelu, w którym ekonomiczny ciężar paybacku ponosi podmiot dystrybucyjny – pod warunkiem, że to on faktycznie dokonuje wpłaty na rzecz NFZ i że wpłata ta ma bezpośredni związek z dokonanymi przez niego dostawami leków. Kluczowe jest zatem ustalenie, kto jest rzeczywiście, ekonomicznie obciążony kosztem paybacku – nie tylko kto figuruje w decyzji refundacyjnej. 

Praktyczna wskazówka: jeśli w Państwa strukturze payback jest rozliczany na poziomie spółki dystrybucyjnej, a nie podmiotu odpowiedzialnego, analiza prawa do korekty VAT powinna objąć właśnie ten podmiot – i to od niego należy zacząć. 

2.Odzyskałeś już VAT od paybacków? Sprawdź, czy nie zostawiłeś pieniędzy na stole 

Firmy, które w ostatnich latach złożyły wnioski o stwierdzenie nadpłaty VAT z tytułu paybacków i odzyskały podatek, często zatrzymały się w połowie drogi. Nadpłacony VAT został zwrócony – ale oprocentowanie nadpłaty już nie. W praktyce często występowały sytuacje, że prawo do oprocentowania jednak przysługuje. 

Na podstawie art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej nadpłata podlega oprocentowaniu w wysokości równej odsetkom za zwłokę od zaległości podatkowych, m.in. w sytuacjach kiedy organ podatkowy nie zwrócił jej w ustawowym terminie lub jeśli nadpłata powstała wskutek błędnej interpretacji prezentowanej przez organy. W przypadku paybacków, gdzie przez lata organy podatkowe odmawiały prawa do korekty, a podatnicy musieli dochodzić swoich roszczeń na drodze sądowej – podstawy do naliczenia oprocentowania często istnieją. 

W praktyce wygląda to tak: firma odzyskuje VAT, otrzymuje przelew z urzędu skarbowego i zamyka temat. Nikt nie weryfikuje, czy wraz z nadpłatą należało się również oprocentowanie i za jaki okres. W wielu przypadkach wymaga to wyraźnego zgłoszenia roszczenia i odrębnej analizy przesłanek wynikających z Ordynacji podatkowej. 

Jeśli Państwa firma odzyskała VAT od paybacków w ciągu ostatnich kilku lat i nie analizowała kwestii oprocentowania – ten punkt wymaga weryfikacji. 

3. Jak wyglądają bieżące rozliczenia paybacków w erze KSeF?

Możliwość rozliczania playbacków na gruncie VAT w bieżących i przyszłych rozliczeniach jest naturalnie również możliwa. Realnie może ona polepszać cashflow firmy.  

Mając jednak na uwadze przeszłe, wieloletnie spory z organami w tym temacie, stosowanie bardziej korzystnych rozliczeń na bieżąco z pewnością powinno być poprzedzone uzyskaniem interpretacji indywidualnej.  

Tym bardziej jest to zasadne teraz – gdy pełne rozliczenia VAT są w „czasie rzeczywistym” widoczne dla skarbówki. 

Od 1 lutego 2026 roku obowiązkowy Krajowy System e-Faktur objął największych podatników (sprzedaż powyżej 200 mln zł z VAT w 2024 r.), a od 1 kwietnia 2026 roku – pozostałe podmioty zobowiązane do wystawiania faktur VAT. To zmiana techniczna, ale z istotnym przełożeniem na sposób dokumentowania rozliczeń paybackowych. 

W dotychczasowej praktyce korekta podstawy opodatkowania VAT z tytułu paybacku była dokumentowana notą obciążeniową wystawioną przez NFZ wraz z potwierdzeniem dokonania wpłaty – bez konieczności wystawiania faktury korygującej.  

Takie podejście zostało potwierdzone m.in. w interpretacji Dyrektora KIS z 25 kwietnia 2025 r. (nr 0114-KDIP4-3.4012.104.2025.1.APR), w której organ zaakceptował dokumentowanie korekty VAT notą obciążeniową NFZ oraz dowodami płatności – bez obowiązku wystawiania faktury korygującej. 

W reżimie KSeF warto ponownie przyjrzeć się temu zagadnieniu.  

Skoro w związku z wystawieniem payback’ów nie będą wystawiane faktury tylko noty obciążeniowe, dokumenty te nie będą raportowane w systemie KSeF. Jednocześnie będą one uwzględnione w kalkulacji VAT przez spółki. Może to powodować w pierwszym okresie pytania ze strony organów co do takiej „niespójności”. Warto więc upewnić się, że firma jest gotowa na udzielenie spójnych, popartych dokumentami wyjaśnień, tak aby wszelkie takie wątpliwości organów od razu rozwiać.   

Trzy rzeczy, które warto zrobić teraz 

Prawo do korekty VAT od paybacków jest dziś coraz bardziej ugruntowane interpretacyjnie i wspierane przez orzecznictwo dotyczące rabatów pośrednich. Pytanie nie brzmi już „czy można” – brzmi „czy już to zrobiliście i czy robicie to prawidłowo”. 

Trzy kroki, które mają sens w połowie 2026 roku: 

Pierwszy – ustalić, który podmiot w Państwa strukturze faktycznie ponosi ekonomiczny ciężar paybacku i czy złożył wniosek o nadpłatę VAT za ostatnie pięć lat. 

Drugi – jeśli wniosek o nadpłatę był już składany, zweryfikować, czy razem ze zwrotem podatku odzyskano również należne oprocentowanie. 

Trzeci – przejrzeć model bieżących playbacków i zabezpieczyć możliwość pomniejszania VAT na bieżąco w formie interpretacji, a także upewnić się, że każda wpłata na rzecz NFZ jest prawidłowo udokumentowana i odzwierciedlona w rozliczeniu VAT za właściwy okres. 

FAQ

Czy interpretacja indywidualna zawsze zapewnia ochronę podatnikowi?

Interpretacja indywidualna pozostaje jednym z najważniejszych instrumentów ochrony podatnika, jednak jej funkcja ochronna jest ściśle związana ze stanem faktycznym przedstawionym we wniosku.

Kiedy warto ponownie przeanalizować posiadaną interpretację indywidualną?

W szczególności wtedy, gdy zmieniają się przepisy, praktyka organów, model współpracy z lekarzami lub rzeczywisty sposób działania organizacji.

Czy obowiązek podatkowy i obowiązek informacyjny to to samo?

Nie. Obowiązek podatkowy i obowiązek informacyjny to odrębne kwestie, które warto analizować niezależnie od siebie.

Czy brak podatku do zapłaty oznacza, że temat jest zamknięty?

Nie zawsze. Brak obowiązku zapłaty podatku nie oznacza automatycznie braku innych obowiązków wynikających z przepisów podatkowych.

Co warto sprawdzić w ramach przeglądu podatkowego dotyczącego współpracy z HCP?

Warto zweryfikować, czy posiadane interpretacje indywidualne odpowiadają aktualnemu modelowi współpracy oraz czy obowiązki informacyjne związane ze świadczeniami na rzecz HCP są analizowane odrębnie od kwestii samego opodatkowania.

Artykuł ma charakter informacyjny i nie stanowi porady podatkowej. W sprawach indywidualnych rekomendujemy konsultację z doradcą podatkowym.