Dokumentacja projektów B+R pod lupą sądów. Czy Twoja dokumentacja obroni się przed fiskusem?

W ostatnich miesiącach w orzecznictwie wojewódzkich sądów administracyjnych pojawiło się kilka wyroków, które mogą budzić niepokój podatników korzystających z ulgi B+R. Sądy poświęciły w nich znacznie więcej uwagi dokumentowaniu działalności badawczo-rozwojowej niż miało to miejsce dotychczas.

Czy oznacza to, że podatnicy powinni przygotować się na nowe, bardziej rygorystyczne obowiązki dokumentacyjne? W naszej ocenie – nie. Wyroki te stanowią jednak ważny sygnał, że odpowiednie udokumentowanie działalności B+R może odgrywać kluczową rolę w przypadku sporu z organami podatkowymi.

Coraz wyższe oczekiwania sądów wobec dokumentacji B+R

W ostatnim czasie na uwagę zasługują przede wszystkim dwa orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu – z 10 lutego 2026 r. (sygn. I SA/Po 683/25) oraz z 24 kwietnia 2026 r. (sygn. I SA/Po 277/26), a także wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z 17 czerwca 2025 r. (sygn. I SA/Łd 208/25). Choć zapadły na tle odmiennych stanów faktycznych, wszystkie wskazują na wyraźnie bardziej rygorystyczne podejście do oceny dokumentacji działalności badawczo-rozwojowej.

Z uzasadnień tych orzeczeń wynika, że sądy oczekują od podatników w szczególności:

• udokumentowania przebiegu prac w sposób pozwalający wykazać ich systematyczny charakter, a nie jedynie przedstawienia efektów końcowych projektu,
• wykazania celu projektu, zidentyfikowanego problemu technicznego lub badawczego oraz przyjętej metody jego rozwiązania, wraz z opisem napotkanych trudności i ryzyk,
• przedstawienia materiału dowodowego potwierdzającego rzeczywisty przebieg prac B+R,
• wykazania, że dokumentacja nie została sporządzona wyłącznie na potrzeby postępowania podatkowego, lecz odzwierciedla sposób prowadzenia projektów w toku ich realizacji,
• udowodnienia twórczego charakteru prowadzonych prac, wykraczającego poza wykorzystanie dostępnych technologii i standardowej wiedzy branżowej.

Analizowane orzeczenia pokazują zatem, że sądy coraz większą wagę przywiązują nie tylko do samego rezultatu prac, ale również do możliwości odtworzenia całego procesu prowadzącego do jego osiągnięcia. Powstaje zatem pytanie, czy wszystkie te oczekiwania znajdują oparcie w obowiązujących przepisach.

Co naprawdę wynika z przepisów?

Analiza najnowszego orzecznictwa prowadzi do zasadniczego pytania: czy obowiązujące przepisy rzeczywiście nakładają na podatników obowiązek prowadzenia dokumentacji w zakresie oczekiwanym przez część sądów administracyjnych?

W naszej ocenie – nie. Przepisy dotyczące ulgi B+R wymagają od podatnika wykazania, że prowadzona działalność spełnia ustawowe przesłanki działalności badawczo-rozwojowej, nie określają jednak, w jaki sposób ma to nastąpić.

Przepisy regulujące ulgę B+R nie zawierają katalogu dokumentów, które podatnik powinien posiadać celem skorzystania z preferencji. Ustawodawca nie posługuje się pojęciami takimi jak „karta projektu”, „harmonogram” czy „raport z realizacji projektu”. Nie określa również wymaganego sposobu dokumentowania czasu pracy ani przebiegu poszczególnych etapów projektu.

Jedynym obowiązkiem dokumentacyjnym wynikającym wprost z przepisów jest wyodrębnienie kosztów działalności badawczo-rozwojowej w prowadzonej ewidencji rachunkowej (art. 9 ust. 1b ustawy o CIT).

Nie oznacza to jednak, że podatnik nie musi dysponować materiałem dowodowym potwierdzającym prowadzenie działalności B+R. Oznacza jedynie, że ustawa nie narzuca jego formy.

Obowiązek wykazania okoliczności to nie to samo co obowiązek prowadzenia określonej dokumentacji

Takie rozróżnienie wynika również z przepisów Ordynacji podatkowej. Zgodnie z art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej jako dowód należy dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy i nie jest sprzeczne z prawem. Z kolei zgodnie z art. 191 Ordynacji podatkowej organ podatkowy dokonuje oceny całokształtu zgromadzonego materiału dowodowego.

Przepisy nie przyznają pierwszeństwa określonym rodzajom dokumentów ani nie uzależniają prawa do ulgi od posiadania konkretnej dokumentacji projektowej. Spełnienie przesłanek działalności B+R może być wykazywane różnymi środkami dowodowymi – od dokumentacji technicznej, przez korespondencję projektową, wyniki testów i protokoły badań, po dokumenty funkcjonujące w przedsiębiorstwie niezależnie od ulgi B+R.

Niewątpliwie to na podatniku spoczywa obowiązek wykazania, że prowadzi działalność badawczo-rozwojową, ponosi koszty kwalifikowane związane z tą działalnością oraz prowadzi wyodrębnioną ewidencję pozwalającą na ich identyfikację. Ustawodawca nie przesądził jednak, w jaki sposób obowiązki te mają być realizowane. Oznacza to, że podatnik może posługiwać się różnymi środkami dowodowymi, o ile łącznie pozwalają one wykazać spełnienie ustawowych przesłanek.

W tym kontekście utożsamianie obowiązku udowodnienia spełnienia przesłanek działalności B+R z obowiązkiem prowadzenia dokumentacji w określonej formie budzi istotne wątpliwości.

Dotychczasowa praktyka interpretacyjna i orzecznicza

W pierwszej kolejności koncentrowano się na obowiązku prowadzenia wyodrębnionej ewidencji kosztów kwalifikowanych wynikającym z art. 9 ust. 1b ustawy o CIT. Zarówno sądy administracyjne, jak i organy podatkowe konsekwentnie przyjmowały, że przepis ten nakłada na podatnika obowiązek wyodrębnienia kosztów działalności B+R, pozostawiając mu jednocześnie swobodę w zakresie sposobu realizacji tego obowiązku.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w wyroku z 15 stycznia 2025 r. (sygn. I SA/Ol 451/24) wskazał, że ewidencja rachunkowa powinna umożliwiać precyzyjne określenie wysokości kosztów kwalifikowanych oraz okresu, którego dotyczą. Z kolei Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 19 grudnia 2023 r. (sygn. II FSK 1415/22) podkreślił, że ustawodawca nie sprecyzował sposobu wyodrębniania kosztów działalności B+R, pozostawiając podatnikom swobodę wyboru rozwiązań pozwalających na ich prawidłową identyfikację.

Tożsame stanowisko od lat prezentuje również Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej. W interpretacji z 2 czerwca 2025 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.204.2025.2.JG) wskazał, że przepisy nie określają formy wyodrębnienia kosztów ani minimalnych wymagań dla prowadzonej ewidencji. W interpretacji z 14 marca 2024 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.75.2024.1.AZ) podkreślono natomiast autonomię podatników w wyborze sposobu wyodrębniania kosztów, a w interpretacji z 24 czerwca 2024 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.186.2024.4.AZ) potwierdzono, że obowiązek wynikający z art. 9 ust. 1b ustawy o CIT może zostać spełniony również poprzez prowadzenie ewidencji pomocniczej w formie arkuszy Excel.

Znacznie rzadziej przedmiotem rozważań organów podatkowych jest dokumentowanie samego przebiegu działalności badawczo-rozwojowej. W tym zakresie wskazówki można znaleźć przede wszystkim w Objaśnieniach podatkowych Ministra Finansów dotyczących IP Box z 15 lipca 2019 r. Minister wskazał, że ewidencja projektu B+R powinna obejmować w szczególności opis projektu, datę jego rozpoczęcia i zakończenia, wykaz osób zaangażowanych w jego realizację oraz zestawienie wykonanych prac przypisanych do konkretnych członków zespołu. Jako przykład sposobu dokumentowania zaangażowania pracowników wskazano natomiast prowadzenie ewidencji czasu pracy, np. w arkuszu kalkulacyjnym.

Podobnie kształtuje się praktyka interpretacyjna. Analiza interpretacji indywidualnych prowadzi do wniosku, że organy podatkowe pozytywnie oceniają prowadzenie kart projektów B+R jako elementu dokumentowania działalności badawczo-rozwojowej. Jednocześnie trudno znaleźć rozstrzygnięcia, z których wynikałoby, że ich prowadzenie stanowi obowiązek wynikający z przepisów. Karty projektów są najczęściej opisywane przez samych wnioskodawców jako stosowane przez nich narzędzie organizacyjne, a Dyrektor KIS przyjmuje taki sposób dokumentowania jako element przedstawionego stanu faktycznego, nie wywodząc z przepisów obowiązku prowadzenia dokumentacji w takiej formie.

Zarówno orzecznictwo, interpretacje Dyrektora KIS, jak i Objaśnienia Ministra Finansów prowadzą zatem do wspólnego wniosku. Ustawodawca wymaga od podatnika wykazania prowadzenia działalności badawczo-rozwojowej, ponoszenia kosztów kwalifikowanych oraz prowadzenia wyodrębnionej ewidencji pozwalającej na ich identyfikację, nie narzuca jednak jednego modelu dokumentowania tych okoliczności. Kluczowe znaczenie ma możliwość wykazania związku poniesionych kosztów z działalnością B+R, a nie prowadzenie dokumentacji według jednego, ustawowo określonego wzorca.

Prowadzenie dokumentacji na bieżąco

Co warte odnotowania, w jednym z ostatnich orzeczeń (I SA/Łd 208/25), pojawił się pogląd o obowiązku bieżącego prowadzenia dokumentacji na potrzeby ulgi B+R. Stanowisko to nie wynika jednak z przepisów. Co więcej, ustawy podatkowe dopuszczają możliwość skorygowania zeznania CIT i rozliczenia ulgi B+R wstecz, co w praktyce jest powszechnym sposobem odzyskania nadpłaconego podatku. Trudno zatem uznać, aby podatnik był zobowiązany do prowadzenia na bieżąco dokumentacji, skoro ustawodawca nie wprowadził takiego wymogu, a jednocześnie przewidział możliwość późniejszego skorzystania z preferencji podatkowej.

Podsumowanie

Najnowsze orzecznictwo WSA pokazuje, że dokumentowanie działalności B+R będzie odgrywać coraz większą rolę w sporach podatkowych. Nie oznacza to jednak wprowadzenia nowych obowiązków dokumentacyjnych. Kluczowe pozostaje zgromadzenie materiału dowodowego pozwalającego wykazać prowadzenie działalności badawczo-rozwojowej oraz prawidłowo wyodrębnić koszty kwalifikowane. Z praktycznego punktu widzenia warto zadbać, aby dokumentacja była tworzona na bieżąco i umożliwiała odtworzenie przebiegu prac oraz powiązanie ponoszonych kosztów z konkretnymi projektami B+R.